Fabuła gry rozgrywa się po wygnaniu Yuuzhan Vong'ów z galaktyki. Rebelia zbiera siły. Imperium po kryjomu zbiera siły do ataku i ponownego przejęcia władzy nad galaktyką. Podziemie wykorzystując wielkie straty wrogich frakcji zwiększa swoje działania przemytnicze. Wszyscy potrzebują nowych ludzi, potrzebują ciebie. Do kogo się przyłączysz ? Wybór należy do ciebie.